MoBo-Trouble

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Hast du schon probiert ob der zweite IDE-Kanal auch immer gelöscht wird, wenn KEINE Laufwerke dranhängen? Also beides abstecken, neu starten und schauen ob der Treiber dann ohne Zeichen im Gerätemanager ist. Wenn nicht, mal Treiber neu drauf und nochmal neustarten. Und vielleicht noch nen Neustart hinterher.

Sind auch alle BIOS-Einstellungen so wie sie sein sollen? Nix komisches dabei?

Auch wenn es spezielle Busmaster-Treiber von VIA gibt, ist es nicht empfehlenswert. diese zu installieren. Die Standardtreiber von MS oder die im 4in1-Pack von VIA enthaltenen sind vollkommen ausreichend, um alles an Performance zu kriegen, was man braucht.
Das Problem wird es nun sein, daß Windows trotz des "Uminstallierens" über einen Treiberrest des Busmastertreibers stolpert und deshalb den IDE2 nicht oder nur manchmal erkennt und sich dann auch mal komplett verabschiedet.
Falls die Busmastertreiber ein Deinstallationsprogramm haben, versuchen, sie zu deinstallieren und die Standard-Treiber verwenden bzw. das 4in1-Pack installieren.
Falls das nicht klappt, wirst du wohl Windows neu aufsetzen müssen (was wohl nicht so extrem tragisch ist, da du, wenn ich den Post richtig deute, noch ziemlich am Anfang bist).
Mehr auch unter :
http://www.viaarena.com/?PageID=66